Musium Mpu Tantular Surabaya berada di Jl.Taman Mayangkara No. 6 Surabaya. Lokasi ini sangat strategis, karena berada diantara Jalan Raya Darmo dan Jalan Diponegoro dan Musium Mpu Tantular berada di depan Kebun Binatang Surabaya.
Bangunan utama dari musium ini digunakan untuk pameran. Gedung baru di sebelah barat digunakan untuk laboratorium konservasi dan tempat pameran sementara.